Doze equipes entraram na Copa do Brasil na terceira fase. Nove delas são as representantes brasileiros na Libertadores: América-MG, Athletico-PR, Atlético-MG, Bragantino, Corinthians, Flamengo, Fluminense, Fortaleza e Palmeiras. Também estreiam Remo, campeão no Norte, Bahia, campeão da Copa do Nordeste, e Botafogo, campeão da Série B.

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Os confrontos da terceira fase serão em ida e volta, que serão realizados nas semanas de 20 de abril e 11 maio. Em caso de igualdade, a decisão será por pênaltis. Na Copa do Brasil o gol fora de casa não é critério de desempate.

Goiás x Bragantino
Fluminense x Vila Nova-GO
Altos-PI x Flamengo
Ceilândia-DF x Botafogo
Atlético-MG x Brasiliense
Remo x Cruzeiro
Coritiba x Santos
Tocantinópolis x Athletico-PR
Palmeiras x Juazeirense-BA
Portuguesa-RJ x Corinthians
CSA-AL x América-MG
Atlético-GO x Cuiabá
Juventude x São Paulo

Os confrontos de volta serão nos dias 10, 11 e 12 de maio com os seguintes mandos de campo:

Ceará x Tombense-MG
Vitória x Fortaleza
Azuriz-PR x Bahia
Bragantino x Goiás
Vila Nova-GO x Fluminense
Flamengo x Altos-PI
Botafogo x Ceilândia-DF
Brasiliense x Atlético-MG
Cruzeiro x Remo
Santos x Coritiba
Athletico-PR x Tocantinópolis
Juazeirense-BA x Palmeiras
Corinthians x Portuguesa-RJ
América-MG x CSA-AL
Cuiabá x Atlético-GO
São Paulo x Juventud